La fermeture systématique des accès aux combles et clochers d’églises et d’autres grands bâtiments (publics et privés), l’aménagement des granges et greniers, des travaux menés dans les greniers pendant la période estivale (provoquant des dérangements importants), sont autant de facteurs qui entraînent une raréfaction considérable des gîtes de reproduction.
En outre, l’illumination des bâtiments, quand elle ne rend pas le gîte inutilisable pour les espèces lucifuges, perturbe les sorties nocturnes des chauves-souris. Sortant plus tardivement, les chauves-souris voient ainsi leurs périodes de chasse réduite, ce qui influence négativement le nombre de captures.
Enfin, les gîtes d’hiver sont eux aussi soumis à de nombreuses problématiques : fermeture ou comblement des entrées; visites répétées et/ou bruyantes provoquant un dérangement des chauves-souris consommant alors les précieuses calories nécessaires leur survie.